Обновление предельно просто:

1. Распаковать архив и залить все файлы поверх старых файлов. ВНИМАНИЕ!!! Файл config.php тоже необходимо заменить новым файлом, поэтому после обновления необходимо будет заново прописать настройки в файле config.php
2. Папке archive и всему что в ней - выставить права 777 (chmod 777) 
3. Залить в существующую базу данных файл update1_2_to_1_3.sql.
4. Еще раз напоминаю - заново прописать в config.php данные для скрипта. Все, теперь скрипт обновлен и будет работать с существующими схемами и аутами.

Все, можно заходить на TDS*, авторизироваться и работать. Про дополнительные манипуляции с Cron, необходимые для работы системы очистки и архивации статистики и других регулярных действий - читать здесь.